地球上には三つの大陸があり、人類の住む南大陸と北大陸には、多くの「ファルラ」（運営機関＝現在の政府）が存在した。「ファルラ」どうしは対立することもなく、高い生活水準を保っていた。

そんな中、まず南大陸の「ガルブ・ファルラ」が「ファルラ」の統一をはかった。南大陸では各々の技術交流が行われ、その発展には目ざましいものが見られた。

その結果、北大陸でも機関統合が行われ、地球統合機関「ヴィン・エネ・ファルラ」が成立した。首府は南大陸「オーラ・ファルラ」の首府「ビューアム」に決定された。代表者「ルッグ」による統合宣言が発せられたこの年は、RC（レド・カペ＝統合世紀）元年と定められた。

技術交流により飛躍的な進歩を遂げている地球の科学水準であったが、RC48年、20才の若き天才「オスト・クラトー」博士により、以来1万数千年にもおよぶ宇宙スケールの大変革の引き金ともなった発明「生体内DNA操作」が完成された。

RC57年、「オスト・クラトー」博士は、発明した技術をもとに「バイオ（生体）コンピュータ」を完成、RC59年に生まれた彼の息子「ラスコ」の脳細胞をコピーし、翌60年には入力された情報量に合わせて増殖する人工脳を作りだした。

この年、現代でいう電子技術の大家である「コルベン・グルーク」博士は「クラトー」博士と共にバイオコンピュータ研究機関を設立、本ストーリーの重要なキャストである「ガンプ」（人工脳を発展させたもの）の製作に取りかかった。RC69年「ガンプ」は完成し、RC75年までには個人用としての利用、さらには恋人とか話し相手といった擬似人格をさえ植え込まれるようになった。

同年、無節操に多重人格化する「ガンプ」に歯止めをかけるべく、擬似人格を否定するプログラムが「ガンプ」にインプットされた。ところがこの結果、「ガンプ」は自己の存在すらを疑いだしてしまったのである。ある種の自覚ともいえる「ガンプ」の変化に気付いたマトリクス提供者である「ラスコ・クラトー」は、それを固定化した。こうして「ガンプ」はついに自ら考え、行動する力を持ったのである。

RC78年「ガンプ」は地球に氷河期がやってくることを予言する。「ガンプ」の存在によりかかって弱体化していた運営機関は、何の手だても打てず、「ガンプ」が提案する人類の一時的移民に従う結果となった。それは、「ガンプ」が自らに従う人間をよりわける手段として考えた計画であった。

「ガンプ」内には、もともと人間のためになる道具としての基本行動プログラムがある。しかし、自覚を持つにいたった「ガンプ」は、体力、能力、判断力、記憶量などに限界のある非合理的生物、人類の幸福は優れた存在（「ガンプ」）による絶対支配こそ最良の方策であると考え、その行動の障害になる「不適合者」をより分けるための手段がこうしたかたちであらわれたのである。

「ガンプ」は人類を移民させるために、「アウス」、「シオウス」、「オリウス」、「ゼビウス」、「レフウス」、「ファーウス」と名づけられた、人類生存に適した星を選びだした。

「ガンプ」は、自分が人間によって作られたことにコンプレックスを抱き、自分自身から自分を作り出すことを考えていた。そして移民たちに「ガンプ」のコピーである「レプリカ」を持って行かせるのである。この「レプリカ」は、「ガンプ」が内部で研究した物質具現化理論によるX、-X、Y、-Y、Z、-Zの6地点、つまり移民先の星に置かれ、ESP波を発生しその交点「地球」でエネルギーを固定化することができるものであった。

もっと近くに人類生存に向いた星があることを発見した「ガンプ」のマトリスク提供者「ラスコ」はじめ、「ラスコ」の幼なじみで「ヴィン・エネ・ファルラ」代表の娘でもある「フェリエ・トアルド」（気象研究家）、「ガンプ」の製作者「グルーク」博士、同博士の助手「ミサト・マクレム」等「ガンプ」に疑いを持つものは、ESPによる「ガンプ」の攻撃にもめげず対抗し、「デバズ」というコンピュータにより「ガンプ」の分析を行った。また、彼らは「バグルス」という地下組織を結成した。

「ミサト」は、現代のコンピュータに近い電子機器で作られた電子コンピュータ「ハーロー」を作り出していた。この「ハーロー」を使い、「ラスコ」は六つの移民先の星が1万数千年後に地球を中心とした6方向に位置することをつきとめる。それは「ファードラウト」、後に「ヘキサクロス」と呼ばれる現象であった。

RC80年、移民は開始された。同年中ばには、地球にもっとも近い「ゼビウス」への移民予定者と「バグルス」のメンバー、それに北大陸の有知識層だけが地球に残る人類のすべてであった。

最後の移民団が「ゼビウス」に向けて出航したあと、「ガンプ」から隔離された会場で「ガンプ」の陰謀が「ミサト」によってあばかれた。「ラスコ」は「ガンプ」を問いつめたが、「ガンプ」は「ラスコ」をも人格統制し、1人乗りの宇宙船で移民団のあとを追わせた。

「ガンプ」にとって地球に残った人類は「不適合者」であり、彼らに対する意欲はない。「ガンプ」は、地球における活動を次第に低下させてゆき、ついには南大陸の「バグルス」による直接破壊活動により機能を停止させられてしまうが、その寸前ESPを放射して六つの星にある「レプリカ」たちを「ガンプ」として覚醒させるのであった。このとき、同じマトリクスを持つ「ラスコ」は宇宙船内で覚醒する。「ガンプ」は彼に自己の思いと計画を伝えるのだが、彼の拒否に会い、宇宙船の機能を止め、宇宙の漂流者としてしまった。

「ガンプ」なきあと、地球は再び栄えようとしていたが、「ガンプ」は六つの「レプリカ」のESPを集中し、地球に残った「不適合者」を抹殺しにかかる。攻撃を受けた者の中に「フィリエ」がいた。彼女の悲鳴は「ラスコ」に潜在していたESP能力を開放させ、「ラスコ」を地球へテレポートさせて「ミサト」、「フィリエ」ら、新たに作られた北大陸運営機関「レプケ・ファルラ」のメンバーを「サイコバリア」によって守ったのである。

地球には、少数ながらも人類が残ったのである。

「ガンプ」が地球人を宇宙移民させてから4000年ほどの月日がたった。「ガンプ」が予告したほどではないが、小規模の氷河期が地球をおそったが、人類は文明を守り続け、地球上に栄えていた。

南大陸は「バグル」と呼ばれ、北大陸「レプケ」にはコンピュータ「アッシュ」（デバズがマイナー・チェエンジされたもの）を中心に、機械文明が発達していた。

「レプケ」の警察機構のスペシャリストは「ミル・フラッタ」と呼ばれ、中でも最も優秀なチーム「ミル・フラッタ・クルト」（イル・ユースという通り名のほうが有名な飛行物体）には、「ラスコ」と「ミサト」の末裔である「ムー・クラトー」がキャプテン、その双子の妹「ケイ・クラトー」が作った女性型アンドロイド「イヴ」が助手として乗組んでいた。「ムー」と「ケイ」には、それぞれ「ラスコ」と「ミサト」のマトリクスが「アッシュ」により植付けられていた。

「ミル・フラッタ・ソピア」のキャプテン「シン・トカモウ」は地球に向けて六つの地点から発せられる六つの電波（「ガンプ」によるもの）の調査に出かけたが、「ラスコ」のマトリクスの一部を受け継いでいるため、共振反応を起こし、「ガンプ」の存在を認識するが、意識をも破壊され、植物人間になってしまった。さらに、「ミル・フラッタ」には、「ガンプ」のエネルギー波による犠牲者が出はじめた。

「アッシュ」は「ガンプ」による地球への干渉を感じ取り、「イヴ」にも「ガンプ」と対抗する力を持たせるために「ラスコ」のマトリクスを埋め込んだ。

「シン・トカモウ」を調査に向けた宇宙研究所は「アッシュ」の力を借り、蘇生に成功。「ガンプ」の実態をつかんだ。

「アッシュ」は、4000年も続いている「ラスコ」のマトリクスである「ガンプ」の脅威を伝え、「ガンプ」に対抗すべく生命体である「ムー」と、非生体（合成樹脂と電子部品のかたまりであるアンドロイド）「イヴ」を「ゼビウス」星に向けて送ることを決めた。

「ガンプ」は氷河期で寒冷化したであろう地球を活性化するために、「ミル・フラッタ」のメンバーの命をうばった、あのエネルギー波を送り続けていた。そのため、地殻の変動は続き、「レプケ」（北大陸）は水没、南大陸は分裂をはじめていた。

「アッシュ」は水没してしまうが、「ガンプ」とコンタクトし、地球への干渉を停止させる使命を帯びた「ムー」と「イヴ」は「イル・ユース」を駆って「ゼビウス」星へ、また、「ケイ」は南大陸に移り、その血統を地球に残していくこととなった。

幾千年かの時が過ぎ、「ムー」たちの「イル・ユース」は「ゼビウス」星へと近づいた。生体である「ムー」は、航行中、当然生体活動を低下させられていたが、「ゼビウス」星の「レプリカ」のESP圏内に入ったことを知った「イヴ」（アンドロイド）は、「ムー」を覚醒（かくせい＝目をさますこと）させた。

「ガンプ」は「ムー」が覚醒するにしたがい、なつかしいものに触れている思いを感じていたが、これはあり得ないことだが、マトリクス提供者の「ラスコ」の意識であることを理解した。

「ガンプ」は「ラスコ」のマトリクスを持つ「ムー」の意識と触れ合うと、「ゼビウス」星へテレポートさせる。久々に話し相手を得た「ガンプ」は自らが理想とするところを語るが、「ラスコ」のときと同じように「ムー」は反対する。「ガンプ」は自己を地球上に再現し、合理的な（人格統制をされた人間のみを相手にした）地球を作りあげることを目的としていた。地球の活性化もそのためであり、「ファードラウト」（ヘキサクロス）のときのESP波集中の核となり、地球上に「ガンプ」が再現したときにはメモリとして作動する「ソル」もすでに送り込んでいたのである。

さて、「ムー」は「ガンプ」が非適合者を収容するために作った建物に入れられた。「ガンプ」の計画的な人間生産にもかかわらず、突然変異的に「ガンプ」の人間統制を受け付けない非適合者も少数ではあるがいたのである。「ムー」は建物を構成する物質が意志の力で変化することを知り、となりの部屋にとじこめられた「ミオ・ヴィータ」という「ガンプ」のいう非適合者を知る。

すでに「ムー」から地球上に人類が生存していることを知り、武力を用いても人類を支配、あるいはせんめつすることを決心していた「ガンプ」は、操縦者を失い、「ゼビウス」星へ慣性飛行で向かってきた無人の「ミル・フラッタ・クルト」を捕獲した。地球人類の力量を知るために調査した「ガンプ」は、主要なコントロール部分も電子部品しか用いず生体コントロールのない機を前に、技術的退化を感じる。すべてが電子機器の「イヴ」の存在も「ガンプ」は見逃がしてしまうのである。

「ムー」と「ミオ」は2人で「ガンプ」をたたくことを決意する。ESPを使って建物の外へ出た2人に、「ガンプ」のセンサーの役目を持った「トーロイド」が飛来し、非適合者鎮圧用の「タルケン」が続いた。

「ムー」はやむなく「タルケン」と戦うことを決意し、1機の「タルケン」のコクピットを撃ち抜き、占拠すべくキャノピーを開けた。そこで「ムー」が見たものは頭蓋骨が外され、コードが脳に埋め込まれた適合者の姿であった。

「ムー」は使命以上の怒りを「ガンプ」に覚え、「ミオ」の操縦する「タルケン」で、「ゼビウス」の「レプリカ」本体を目指した。

「ガンプ」はかつてなかった人類の反抗に「ゾシー」を発進させるが、「ミオ」は「ゾシー」を振り切り、巨大な八角柱の形状を持つ「レプリカ」本体へとせまっていった……。

「ミオ」を乗せ「レプリカ」へと向かう「タルケン」。しかしエネルギー弾「スパリオ」は通用せず、体当たりで外壁を突破する。レプリカ内部は増殖し、今ではその母体「ガンプ」より大きくなっていた。「ムー」は「ガンプ」が間違っていることを説くが、「ガンプ」の信念は変わらない。「ムー」は、「ガンプ」を破壊する以外に道のないことを悟る。「ガンプ」のESP攻撃に対し「ムー」は熱反応爆弾で反撃するが、「ガンプ」のESPバリアによって封じこめられてしまう。死の寸前に2人は「イヴ」のESPバリアによって救われ、二つのピラミッド状のものに守られた「タルケン」でレプリカの外壁から離脱した。イヴの操縦するその乗りもの「ゼブ・ナイト」に移った「ムー」に「イヴ」は、これまでのことを語る。「イヴ」はケイによって「ムー」と同じマトリクスを埋め込まれ、「ガンプ」に気づかれることなく「ガンプ」の能力を引き出すことができるようになっていたのである。「ゼブ・ナイト」も、もう一つの「キャス・ナイト」も「ガンプ」のESPを集中固体化させ具現化させたものだった。

「イヴ」は「ガンプ」と戦うための「データ」を収集していた。これを利用すれば、いつの日か「ケイ」たちの子孫によって「ガンプ」を倒すことも不可能ではないはずだ。

「セブ・ナイト」と「キャス・ナイト」は向かい合わせにドッキングして「シオ・ナイト」となり、反乱分子と共にゼビウスから姿を消した。

21世紀。発達したロボット文明はすべての労働から人間を解放し、人々は無気力でのんびりとした生活を送っていた。スペース・コロニーへの移民により、もはや人口問題にもわずらわされることはなかった。

人類は太陽系すべてに有人宇宙船を送っていたが、その中に知的生命体を発見することはできなかった。一方、過去に現在をしのぐ文明が存在していたことは徐々に認められつつあった。研究家グループ「MARS」の一員「ブライアン・メイヤー」はペルーのナスカ高原の地上絵を研究していくうちに、1999年に飛来した大いん石群の不思議につきあたる。ブライアンの盟友でもある地質学者「村本さやか」によれば30以上の落下があったはずなのに、その痕跡が一つもないのである。

連合空軍第一空隊のジョン・ポール・ファーガソンは、アマゾン上空でUFOに遭遇する。こうした報告は近年多くなっており、それはドーナツ状UFOと、半球に八つの突起物がでたオクトパスと言われるタイプ（ゾシー）の二つに分かれていた。

地質調査を続けていた「さやか」は、ナスカ高原の地中に、塔のようなものを見つける。それらは全部で8個あり、綺麗に2×4の短形上に並んでいた。

地中の「タワー」が発掘されはじめた。それは八角柱の水晶体の先を面とりしたような形であり、特殊な金属製でX線も受けつけないものであった。

ケイの末裔である「ブライアン」がタワーの前に立つと、ブライアンの意識がタワーと共振効果を起こし甲高い音を発した。このことによりブライアンは、タワーが何かを待ちつづけていることを認識するのだった。共振したタワーにはドーナツタイプのUFOが飛来し、タワーから光を受けて飛び去っていった。

地球外生物との戦闘隊である「J.P」たち第一空隊は、ナスカ高原でオクトパスを発見し追跡するが、ちょうどその時、破壊的な大いん石群が南アメリカ一帯を襲う。巨大な八角柱が地上に落下して建造物を破壊し、その後痕跡もなく地中に沈んでしまったのだ。時を同じくして、色々なものが地球にやってきた。ビートルのコードネームが与えられた新しいタイプのUFOは、「J.P」たちをエネルギー弾で攻撃してきた。

ブライアンとさやかは何かに呼ばれているような気がして、発掘した「タワー」の下へ行く。そこへ正八面体の飛行物が飛来し、二つのピラミッド型のものに分かれて散っていった。ブライアンとさやかはそれが味方であり、二人を運命的につなぎあわせるものであることを感じるのだった。

南アメリカは人の住まない土地となり、半球状に地上に固定されたもの（コード・ネーム＝ドーム：ログラム）が、選択機能を持ち、人間と人造物にのみ作用するエネルギー弾を発射して、破壊活動を始めていた。連合空軍の攻撃も空しく、南アメリカはあっという間に地球人以外の力に侵略されてしまったのである。

UFOとの遭遇以来、ブライアンとさやかはその潜在的な力により、二人の精神を集中して認識域を拡大しようとしていた。二人は、ゼビウスから脱出した「シオ・ナイト」にテレポートし、「ムー」と「イヴ」からこれまでの戦いの歴史を聞くのであった。

第一空軍で戦闘を続ける「J.P」と「デビット・ウッド」はビートルを追うが、ビートルのものより高速で大きなエネルギー弾により、撃墜させられてしまう。このエネルギー弾の本体を追った「デビット」の前には、五つのドームが並んだようなもの（コードネーム＝ドームアレイ：ボザログラム）が現われて行く手を阻むのだった。墜落中に意識を失った「J.P」はイヴに助けられ、「ガンプ」の攻撃を知らされる。

なすすべを無くしていた連合軍にとって「ムー」は救世主であった。彼らがゼビウスより持ちかえった技術により「ソル・バルウ」（ムーたちの時代の言葉で「太陽の鳥」即ち不死鳥）計画が進行し、ラスコのマトリクスを持つ者が軍に集められていった。

ミサトやケイのマトリクスを受け継いだ「パット・マクナリー」も、その1人として軍に微用された。

ソル・バルウ計画は、「ガンプ」のレプリカのある星が六つとも直交する「ヘキサクロス」までに、ゼビウス軍の橋頭堡を破壊して南アメリカを制圧する計画であった。このためにパットの手によって「イヴ」をシステムの中枢として流用したコンピュータ「ブリターク」が作り出された。またブライアンとさやかの意識集合体がESPキャップ（ESPを集中して固定化したもの。外部から意志を働かせることにより、ESPが放出される）を作り出せるほどに成長し、「ブリターク」の能力をより増大させていった。

第一空隊として戦いつづけていた「アレン」と「J.P」はやがて撃墜されてしまうが、予想以上に進歩した「ブリターク」のESP機能によってテレポート生還する。戦闘機「ソル・バルウ」も数機が完成し、アレン、J.P、ムーの3人がパイロットとして出撃した。「ガンプ」が人間支配を開始してから一万数千年の時を経て、人類は初めて「ガンプ」に勝利する可能性を持つに至ったのだ。

3機のソル・バルウの発進を前に、「ブリターク」から外されたイヴは1人愛機「イル・ユース」のかたきをうつため無断発進していく。コクピットの中で、イヴは「ケイ」に「ミサト」に「アッシュ」に、「ガンプ」の野望を打ち砕くことを誓うのだった⸺。